Nella fase in cui il Progetto Preliminare si stava ancora configurando e consideravano diverse ipotesi di tracciato, erano stati previsti 91 sondaggi ambientali. Le indagini sono partite con 23 carotaggi realizzati da LTF e RFI ritenuti prioritari dall'Osservatorio e nel contempo senza rischi per l'ordine pubblico dalla prefettura. Conclusi questi 23 carotaggi, la prefettura ha deciso di interrompere i sondaggi in vista della concomitanza di elezioni regionali e dell'Ostensione della Sindone, per ragioni di ordine pubblico. Nel frattempo, il tracciato è diventato uno solo, rendendo pertanto obsoleti un numero non trascurabile di sondaggi.
Il Progetto preliminare è stato elaborato in questo contesto, anche sulla base dei primi 23 sondaggi portati avanti nei primi mesi del 2010
Ma va ricordato che prima dei sondaggi è stata effettuata una ricognizione presso 104 enti detentori di conoscenze del suolo e del sottosuolo che sono state raccolte e approfondite al fine di individuare i "buchi" o le carenze di informazione che i 91 sondaggi - in riferimento a ipotesi di tracciato multiple - avrebbero integrato e colmato. Ciò detto è probabile che per la realizzazione del Progetto Definitivo alcuni carotaggi mirati saranno necessari.
